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Friday, May 09, 2008

CHINESE BIOINFORMATIC


The fact that Chinese scientists study DNA, very long sequences (partial human genome and complete genomes of bacterium and yeasts), discovering in them fractal-like patterns, read genomes using statistical sequences K-strings, created new paradigms on phylogenetic analysis without alignment sequential, predicted proteíc structures creating Z-curves concepts, to discover the dynamic composition of DNA in geometric spaces, etc, is due according to Liping Wei (Center for Bioinformatics/Peking University) and Jun Yu (Beijing Institute of Genomics), to the genomic boom (1990 - 2000) that facilitated the Chinese participation (1%), in the Human Genome Project. The accumulation and analysis of data care in bioinformatic because it demand new useful methods to discover biological patterns. When the Asian continent (2003), suffered the epidemic attack of SARS, chinese scientific determined swiftly the genomic sequences of coronavirus, proposing a mathematical model to estimate the rate of evolution of corona virus SARS genome (0.16 base/day). With the help of bioinformatic, the chinese study the migratory history of Asian populations by means of sequence and phylogenetic analysis of Y- chromosome, the sequence of rice, the regulation of transcription and microRNAs translation, etc. In Proteomic, chinese scientists have predicted subcellular localizations of proteins, analyzed the topology of interactions protein-protein nets in yeasts, using a spectral method (graph theory), to discover hidden topologic structures (quasi-cliques and quasi-bipartites visualized as cluster trees).

The Chinese have advanced in the study of net biological nets: cellular cycles of yeasts, segments of polarity of Drosophila, proteic interactions of Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster, in computational neurobiology, proposing neurodecoder based on synchronous oscillations of visual cortex, developed databases and image methods Visible Chinese Human (anatomical atlas of high resolution of rats and methods for optic molecular images). China already has a critic mass of scientifics in computation and biologists formed abroad, beside other domestic ones. China also has numerous publications indexed in PubMed/NCBI. From 1994 China has TCP/IP Internet connections with the rest of the world, having also established narrow nexuses among computational scientific, biologists and labs able to validate predictions and hypothesis. China, but lack of a
BISTIC (representatives of each segment of the institutes of the NIH, other centers and agencies related with biocomputation) and of a national center for bioinformation, similar to the NCBI (US National Center for Biotechnology Information), central repository of data and biological tools.

BIOINFORMATICA EN CHINA.

El que cientificos chinos hallan determinado secuencias muy largas de DNA (partes del genoma humano y genomas completos de bacterias y levaduras), descubriendo en ellos patrones fractal-like, leído genomas empleando secuencias estadísticas K-strings, creado nuevos paradigmas de análisis filogenético sin alineamiento secuencial, predicho estructuras proteícas creando el concepto Z-curve, para descubrir la composicion dinámica del DNA en espacios geométricos, etc, se debe segun Liping Wei (Center for Bioinformatics/Peking University) y Jun Yu (Beijing Institute of Genomics), al boom genómico (1990- 2000), que posibilito la participación china (1%), en el Human Genome Project. La acumulación y análisis de datos importan en bioinformatica porque demandan nuevos métodos útiles para descubrir patrones biológicos. Cuando el continente asiático (2003), sufrió el ataque epidémico del SARS, los chinos determinaron velozmente las secuencias genómicas del coronavirus, proponiendo un modelo matemático para estimar la tasa de evolución del genoma del SARS coronavirus (0.16 bases/dia). Con ayuda de la bioinformatica los chinos estudian la historia migratoria de las poblaciones asiáticas mediante secuenciación y análisis filogenético del cromosoma Y, la secuenciación del arroz, la regulación de la transcripción y translacion de microRNAs, etc. En proteómica, científicos chinos han predicho las localizaciones subcelulares de las proteínas, analizado la topología de las redes interaccionales proteína-proteina en levaduras, empleando un método espectral (teoría graph), para descubrir estructuras topológicas ocultas (quasi-cliques y quasi-bipartitas visualizadas como árboles en racimo).

Los chinos han avanzado en el estudio de sistemas de redes biológicas : ciclos celulares de levaduras, segmentos de polaridad de Drosophila, interacciones proteicas de Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans y Drosophila melanogaster, en neurobiología computacional, proponiendo neurodecodificadores basados en oscilaciones sincrónicas de la corteza visual, desarrollado bases de datos y métodos imagenológicos : Chinese Visible Human (atlas anatomico de alta resolución de ratas y métodos para imágenes moleculares ópticas). China ya cuenta con una masa critica de científicos en computación y biólogos formados en el extranjero al lado de otros domesticos. Cuenta también con numerosas publicaciones indexadas en PubMed/NCBI. Desde 1994 China dispone de conexiones TCP/IP Internet con el resto del mundo, habiendo establecido también estrechos nexos entre científicos computacionales, biólogos y laboratorios capaces de validar predicciones e hipotesis. China, empero adolece de un BISTIC (representantes de cada uno de los institutos del NIH, otros centros y agencias relacionadas con biocomputacion) y de un centro nacional para bioinformacion, similar al NCBI (US National Center for Biotechnology Information), repositorio central de datos y herramientas biológicas.
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